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Yunierkis Perez

PhD en ciencias

País: Cuba

Graduado de física nuclear en 2004 en La Habana, Cuba. PhD en Ciencias por la Universidad Libre de Bruselas, Bélgica en 2013. Docente-investigador en la UDLA y parte de grupo de investigación en bio-quimioinformática desde 2017. Sus investigaciones se relacionan principalmente con el descubrimiento de fármacos asistido por computadora. Sus investigaciones también incluyen el diseño, implementación, validación y aplicación de métodos computacionales para resolver problemas químicos, farmacéuticos y biológicos. Sus principales intereses de investigación son el cribado virtual, la predicción del posible mecanismo de acción de compuestos bioactivos y el estudio de la dinámica de las proteínas.
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Áreas de investigación

Descubrimiento de fármacos asistido por computadora, quimio informática, bioinformática estructural.


Proyectos de Investigación

  1. Programa de investigación: Desarrollo y aplicación de métodos quimioinformáticos y bioinformáticos para el estudio de diversos problemas biológicos.

Publicaciones más importantes

  • Tejera, E.; Pérez-Castillo, Y.; Toscano, G.; Noboa, A. L.; Ochoa-Herrera, V.; Giampieri, F.; Álvarez-Suarez, J. M. Computational Modeling Predicts Potential Effects of the Herbal Infusion “Horchata” against COVID-19. Food Chemistry 2022, 366, 130589. https://doi.org/10.1016/j.foodchem.2021.130589
  • Lagares, L. M.; Pérez‐castillo, Y.; Minovski, N.; Novič, M. Structure–Function Relationships in the Human P‐glycoprotein (Abcb1): Insights from Molecular Dynamics Simulations. International Journal of Molecular Sciences 2022, 23 (1). https://doi.org/10.3390/ijms23010362
  • Diniz, L. R. L.; Perez-Castillo, Y.; Elshabrawy, H. A.; Bezerra Filho, C. D. S. M.; de Sousa, D. P. Bioactive Terpenes and Their Derivatives as Potential SARS-CoV-2 Proteases Inhibitors from Molecular Modeling Studies. Biomolecules 2021, 11 (1), 1–19. https://doi.org/10.3390/biom11010074
  • Tejera, E.; Munteanu, C. R.; López-Cortés, A.; Cabrera-Andrade, A.; Pérez-Castillo, Y. Drugs Repurposing Using QSAR, Docking and Molecular Dynamics for Possible Inhibitors of the SARS-CoV-2 Mpro Protease. Molecules 2020, 25 (21). https://doi.org/10.3390/molecules25215172
  • Armijos-Jaramillo, V.; Yeager, J.; Muslin, C.; Perez-Castillo, Y. SARS-CoV-2, an Evolutionary Perspective of Interaction with Human ACE2 Reveals Undiscovered Amino Acids Necessary for Complex Stability. Evol. Appl. 2020, 13 (9), 2168–2178. https://doi.org/10.1111/eva.12980
  • Lopes, S. P.; Castillo, Y. P.; Monteiro, M. L.; de Menezes, R. R. P. P. B.; Almeida, R. N.; Martins, A. M. C.; de Sousa, D. P. Trypanocidal Mechanism of Action and in Silico Studies of P-Coumaric Acid Derivatives. Int. J. Mol. Sci. 2019, 20 (23). https://doi.org/10.3390/ijms20235916
  • Perez-Castillo, Y.; Sotomayor-Burneo, S.; Jimenes-Vargas, K.; Gonzalez-Rodriguez, M.; Cruz-Monteagudo, M.; Armijos-Jaramillo, V.; Cordeiro, M. N. D. S.; Borges, F.; Sánchez-Rodríguez, A.; Tejera, E. CompScore: Boosting Structure-Based Virtual Screening Performance by Incorporating Docking Scoring Function Components into Consensus Scoring. J. Chem. Inf. Model. 2019, 59 (9), 3655–3666. https://doi.org/10.1021/acs.jcim.9b00343
  • Turkez, H.; Da Nóbrega, F. R.; Ozdemir, O.; Filho, C. D. S. M. B.; De Almeida, R. N.; Tejera, E.; Perez-Castillo, Y.; De Sousa, D. P. NFBTA: A Potent Cytotoxic Agent against Glioblastoma. Molecules 2019, 24 (13). https://doi.org/10.3390/molecules24132411
  • Sánchez-Rodríguez, A.; Pérez-Castillo, Y.; Schürer, S. C.; Nicolotti, O.; Mangiatordi, G. F.; Borges, F.; Cordeiro, M. N. D. S.; Tejera, E.; Medina-Franco, J. L.; Cruz-Monteagudo, M. From Flamingo Dance to (Desirable) Drug Discovery: A Nature-Inspired Approach. Drug Discov. Today 2017, 22 (10), 1489–1502. https://doi.org/10.1016/j.drudis.2017.05.008
  • Cruz-Monteagudo, M.; Medina-Franco, J. L.; Pérez-Castillo, Y.; Nicolotti, O.; Cordeiro, M. N. D. S.; Borges, F. Activity Cliffs in Drug Discovery: Dr Jekyll or Mr Hyde? Drug Discov. Today 2014, 19 (8), 1069–1080. https://doi.org/10.1016/j.drudis.2014.02.003.
  • Pérez-Castillo, Y.; Froeyen, M.; Cabrera-Pérez, M. Á.; Nowé, A. Molecular Dynamics and Docking Simulations as a Proof of High Flexibility in E. Coli FabH and Its Relevance for Accurate Inhibitor Modeling. J. Comp.-Aided Mol. Des. 2011, 25 (4), 371–393. https://doi.org/10.1007/s10822-011-9427-z
  • Matos, M. J.; Terán, C.; Pérez-Castillo, Y.; Uriarte, E.; Santana, L.; Viña, D. Synthesis and Study of a Series of 3-Arylcoumarins as Potent and Selective Monoamine Oxidase B Inhibitors. J. Med. Chem. 2011, 54 (20), 7127–7137. https://doi.org/10.1021/jm200716y
  • Pérez-Castillo, Y.; Lazar, C.; Taminau, J.; Froeyen, M.; Cabrera-Pérez, M. A.; Nowé, A. GA(M)E-QSAR: A Novel, Fully Automatic Genetic-Algorithm-(Meta)-Ensembles Approach for Binary Classification in Ligand-Based Drug Design. J. Chem. Inf. Model. 2012, 52 (9), 2366–2386. https://doi.org/10.1021/ci300146h